成立于１９９７年，是深交所设立的高层次证券研究专门机构，设有国内证券业最早、规模最大的博士后工作站和国内第一份证券类专业理论期刊《证券市场导报》。

　　综合研究所长期致力于研究中国资本市场建设和深交所发展过程中基础性、前瞻性和战略性的重大课题，注重实证研究、实地调研和案例分析，依托交易所在数据、渠道等方面的独特资源和平台优势，经过长期积累、跟踪研究，逐步形成一批研究细分领域中的专长和品牌性研究成果，在业界具有广泛影响。一些成果已直接或间接地应用于证券市场，成为证监会、深交所制定政策和决策、进行制度和产品创新的重要参考依据。深交所综合研究所早在２００１年即获得了中央金融工委授予的全国“青年文明号”称号。

　　深圳证券交易所博士后工作站目前已累计招收了十七批共１５９名博士后。出站博士后大多成为业界高管、部门负责人和高校学术带头人。本站已成为引进、培养并向证券业输送高层次人才的重要通道，　２０１０年、２０１５年两度被人力资源社会保障部和全国博士后管理委员会评为全国优秀博士后科研工作站。