成立于２０１５年，建有“南科大研究”中心（筹）、粤港澳大湾区高等教育大数据研究中心、慕课中心三个研究平台。中心致力于为南方科技大学提供有关高等教育理论、政策、国内外大学发展经验的分析结果，为深圳“双区”建设、中国高等教育改革实践以及世界高等教育创新发展之间多层次多维度关系的研究做出贡献。中心先后举办了国际国内学术会议１００余场次，创办了“世界一流研究型大学年度论坛”、“南科大研究”系列、“高等教育创新讲堂”、《高教纵横》内部刊物等系列平台，承担多项课题研究项目。