成立于２０１１年，由国家高端智库中国（深圳）综合开发研究院发起。马洪基金会创造性地建立了我国第一家具有鲜明草根特色的民间智库——“深圳智库百人会”，使其成为中国新型智库建设的一支新生力量。同时，依靠理事会和名誉理事会中强大的国内一流专家资源，举办了一系列具有重大影响力的“理事专题报告会”，为新时期提高社会公众的理论和思想水平、激扬社会正能量发挥了重要作用。马洪基金会于２０１５年荣获“全国先进社科组织”荣誉称号，２０１９年荣获深圳市５Ａ级社会组织称号。